一位员工在2019年加入一家医疗公司，担任内勤和销售的双重职责，月薪由24000元的基本工资和6000元的内勤绩效构成。公司规定严格考勤，未经批准的迟到、早退或擅自离岗超60分钟将被视为旷工一天，并制定了相应的罚款措施。这位员工因频繁迟到，在一年内被扣除了20多万元工资。对此，他提起了劳动仲裁，要求公司返还扣款。仲裁结果支持了员工，裁定公司需补发工资差额。

公司不服仲裁决定，向法院提起诉讼。法院审理后指出，企业有权通过规章制度对员工迟到实施处罚，但这种管理权限必须合理、适度且出于善意。扣除过多工资作为惩罚既不符合法律规定，也有违常理，应按照员工实际缺勤时间扣减相应工资。经过计算，该员工合理的缺勤扣款应为1.2万元左右，因此法院判决公司需向员工补发19万元的工资差额。双方对一审判决均未提出上诉。

法院强调，尽管用人单位拥有管理权，但在执行时必须遵循合理性、有限度及善意原则，确保不侵害劳动者权益。我国法律并未普遍授权企业对员工罚款，保障劳动者获取全额工资的权利至关重要。在此案例中，公司过度扣除工资的行为已严重侵犯了员工的合法权益。

判决提醒，企业管理规定应基于实际需要，且对违纪行为的处理需适度，与违纪的严重性和后果相匹配。那些不公允地放大违纪后果的规定不能作为处罚依据。最终，法院基于公平原则，确立了根据员工缺勤时间扣减相应工资的处理方式，维护了劳动者的正当权益。