人类已经失去了灵长类祖先一半的肠道细菌

一项新的研究发现，数百万年来，灵长类动物的肠道中已经进化了数百个细菌群，但人类已经失去了近一半的共生细菌。

在这项研究中，研究人员将黑猩猩和倭黑猩猩(我们的近亲)中发现的肠道细菌种群与人类的肠道细菌种群进行了比较，人类总共有大约10，000种不同的细菌谱系。科学家们分析了这些细菌在灵长类动物中的进化关系，并确定了存在于人类和灵长类动物远祖中的细菌群。引人注目的是，结果表明，这些祖先的共生体正在迅速从人类血统中消失。

虽然人类肠道微生物组这些变化的原因尚不清楚，但该研究的作者怀疑改变饮食可能导致这种差异。

“工作的想法是，我们看到的跨越所有人类种群的损失，无论生活方式如何，可能是由人类进化早期发生的饮食变化驱动的，因为我们已经与黑猩猩和倭黑猩猩分道扬镳，”康奈尔大学脊椎动物博物馆生态学和进化生物学助理教授兼哺乳动物学系主任安德鲁·默勒说， 在农业与生命科学学院，以及该论文的资深作者。

特别是，人类饮食从叶子和水果中发现的复杂植物多糖转向更多的动物脂肪和蛋白质，Moeller说。

默勒实验室的前博士后研究员乔恩·桑德斯(Jon Sanders)是该研究的第一作者，该研究“人类共同多样化灵长类动物肠道细菌共生体的广泛灭绝”于11月<>日发表在《自然微生物学》上。丹尼尔·斯普罗克特(Daniel Sprockett)是Moeller实验室的现任博士后研究员，也是合著者。

在这项研究中，研究人员分析了宏基因组，这些宏基因组是通过将来自整个基因组群落的短碱基对序列拼凑在一起而组装的;宏基因组揭示了样品中存在哪些微生物及其相对丰度。

根据该论文，对9，640个人类和非人类灵长类动物宏基因组的分析，包括来自黑猩猩和倭黑猩猩的新生成的宏基因组，揭示了肠道细菌群与其宿主共享进化历史的重要证据。

结果显示，与非洲猿类有共同进化历史的进化分支(一个从共同祖先进化而来的群体)中有44%在人类宏基因组数据中不存在，54%在工业化人群中不存在。与此同时，非洲类人猿中只有3%的细菌分支与这些宿主没有共同的进化史，在人类中不存在。

“这是第一项微生物组范围的研究表明，有大量的祖先共同多样化[共享进化]细菌已经在灵长类动物和人类中共同生活了数百万年，”Moeller说。

尽管如此，Moeller强调了改善人群采样的重要性，特别是工业国家以外的人群，以充分代表人类肠道微生物组的多样性。

祖先细菌可以从母亲传给婴儿，并通过与同一物种的其他成员的社会传播。

一般人群与工业化国家人群之间灭绝细菌的差异可能表明与现代饮食和药物有关的差异，例如已知会改变微生物组的抗生素。一些研究人员推测，祖先菌群的破坏可能在现代疾病中发挥作用，如自身免疫性疾病和代谢综合征。

同样由Moeller和Sprockett领导的第二篇相关论文“宿主物种特异性肠道微生物群的居所优势”于12月<>日发表在《科学进展》上，表明肠道细菌局部适应它们所生活的宿主，为这些共生的长期稳定性提供了可能的机制。

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