研究人员开发新软件解锁癌症起源

知道你的祖先来自哪里是更好的癌症治疗的关键吗?也许吧，但是那把钥匙放在哪里呢?我们如何将癌症的祖先根源追溯到现代解决方案?对于冷泉港实验室 (CSHL) 研究教授亚历山大·克拉斯尼茨 (Alexander Krasnitz) 而言，答案可能深藏于包含数十万个肿瘤样本的庞大数据库和医院档案中。

Krasnitz 和 CSHL 博士后研究员 Pascal Belleau 正在努力揭示癌症与种族或民族之间的系谱联系。他们开发了新软件，可以从肿瘤 DNA 和 RNA中准确推断血统。他们的最新研究发表在Cancer Research上，他们的工作可能会帮助临床医生制定早期癌症检测和个性化治疗的新策略。

“为什么不同种族和民族的人患不同类型癌症的比率不同?他们有不同的习惯、生活条件、暴露——各种社会和环境因素。但也可能有遗传因素，”Krasnitz说。

Krasnitz 的团队使用混合 DNA 配置文件训练了他们的软件工具。他们从已知背景的癌变基因组和无关的无癌基因组中创建了这些概况。然后，他们测试了该软件针对具有已知血统的患者的胰腺癌、卵巢癌、乳腺癌和血癌标本的性能。该团队发现该软件将他们的混合档案与人口相匹配，准确率超过 95%。

“我们有一个很好的模型可以建立，”Krasnitz 说。“但很少有人来自单一血统。我们在某种程度上都是混合的。所以现在我们正在努力更深入地研究，测试未知血统的肿瘤样本，揭示祖先混合，并实现更多的区域特异性。” 有多具体?现在，想想西非而不是东非。

Krasnitz 和 Belleau 最近与 Northwell Health 和 SUNY Downstate Medical Center 合作参加了一项结直肠癌研究。该研究使他们能够探索结直肠癌如何根据特定种族或种族以不同方式突变基因。他们希望进一步改进他们的软件，不仅可以推断整个基因组的祖先，还可以推断其中每个单独序列的起源。

“如果我们能够识别更多易患不同癌症或其他侵袭性疾病的局部血统，它可以帮助我们查明负责的基因组的特定部分并将其作为治疗目标，”Belleau 说。

现在，一个简单的 DNA 拭子就可以告诉您您来自哪里以及您会遗传哪些疾病。将来，它也可能会给你打败他们的方法。

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